Kisah gelap Steins: Gate yang menceritakan ilmuwan gila yang eksentrik bernama Okabe, berjuang untuk pulih karena percobaannya yang gagal dalam menyelamatkan Kurisu. Dia memutuskan untuk menyerah dan meninggalkan ke egoisnya, untuk melupakan masa lalu. Ketika semua kembali normal, ia ditarik kembali ke masa lalu bertemu Kurisu, yang mengatakan kepadanya bahwa mereka telah mulai menguji perangkat yang menyimpan memori manusia dan menciptakan simulasi dengan karakteristik dan kepribadian mereka. Okabe mulai menguji dan mengetahui bahwa simulasi Kurisu membawa kembali penderitaan dan beberapa tragedi baru yang tak terduga.
