Cerita akan bersetting di tahun 2020 dan akan diisi dengan cerita baru yang berbeda dengan serial sebelumnya. Internet sudah menjadi kebutuhan primer bagi para manusia. Tapi yang umat manusia tak ketahui adalah sisi lain dari internet adalah Dunia Digital. Sebuah dunia berisi cahaya dan kegelapan. Tak ada manusia yang menyadari kalau di sana para Digimon hidup.
Gangguan pada jaringan internet meluas, berpusat di sekitar area Tokyo. Sinyal lalu lintas menyala dengan kacau, tv nasional pun menanyakan tulisan yang tidak jelas, dan banyak hal lainnya. Menurut laporan berita telah terjadi tindak teroris di dunia siber.
Anak kelas lima SD bernama Taichi bersiap melakukan perkemahan libur musim panas, namun ibu dan adiknya bernama Hikari pergi ke Shibuya menaiki kereta yang lepas kendali dan tak bisa dihentikan. Taichi bergegas pergi ke Shibuya untuk menyelamatkan ibu dan adiknya, namun saat dia hendak melangkah ke stasiun, sebuah fenomena aneh menimpanya, Taichi pun dibawa pergi ke Dunia Digital! Dan disana para anak terpilih bertemu dengan partner Digimonnya, dan mereka harus menghadapi petualangan yang belum pernah mereka ketahui ….
