Anime ini merupakan episode kedua dari seri movie Godzilla yang terbagi menjadi 3 bagian.
Pertempuran manusia untuk merebut kembali Bumi dari Godzilla terus berlanjut. Kunci untuk mengalahkan Raja dari para Monster adalah Mechagodzilla, senjata robotik yang diduga telah hilang hampir 20.000 tahun yang lalu.
Musim panas terakhir abad ke-20. Hari itu, manusia mengetahui bahwa mereka bukan satu-satunya penguasa planet bumi.
Munculnya makhluk hidup raksasa “Kaiju’s” dan eksistensi utama yang menghancurkan semua monster: Godzilla. Melalui pertempuran melawan kaiju yang berlangsung selama setengah abad, manusia telah mengalami kekalahan terus-menerus, dan akhirnya berencana untuk melarikan diri dari Bumi. Dan pada tahun 2048, hanya mereka yang terpilih oleh A.I. dikelola di bawah pemerintah pusat menaiki pesawat ruang angkasa emigran antar-sidereal “Aratrum” untuk menuju “Tau Cetus e”, planet yang berada di luar jarak 11,9 tahun cahaya. Namun, kondisi lingkungan perbedaan antara Bumi dan Tau e, yang akhirnya mereka dapatkan setelah 20 tahun jauh melampaui angka yang diprediksi, dan bukan merupakan lingkungan yang dianggap layak huni oleh manusia.
Pemuda di kapal imigran: Haruo, yang melihat orang tuanya dibunuh oleh Godzilla di depan matanya saat berusia 4 tahun, hanya memiliki satu hal dalam pikirannya selama 20 tahun: kembali ke Bumi dan mengalahkan Godzilla. Diam keluar dari kemungkinan emigrasi, karena lingkungan hidup di kapal memburuk, kelompok “Earth Returnists” yang dipimpin oleh Haruo menjadi mayoritas, dan memutuskan untuk kembali ke Bumi melalui navigasi jarak jauh yang berbahaya. Namun, Bumi yang mereka kembalikan telah melewati masa 20.000 tahun, dan telah menjadi dunia yang tidak diketahui dengan ekosistem yang memerintah oleh Godzilla.
Pada akhirnya, apakah manusia akan memenangkan Bumi? Dan apa yang akan Haruo lihat melampaui takdirnya?
