Breaker menceritakan para-atlet (atlet yang mengalami cacat fisik, mental dan sensoral) yang bertemu dengan ilmuwan olahraga bernama Ren Narita. Anime ini memiliki empat cerita tentang olahraga yang berbeda: bola basket kursi roda, lintasan dan lompat tinggi, bola gawang, dan renang paralimpik.